Mörka skuggor kastar sig över New York, då Shredder och Fotklanen kopplat ett järngrepp på allt från poliser till politiker. Sköldpaddorna måste tillsammans med journalisten April O’Neil och hennes kameraman Vernon Fenwick rädda staden och stoppa Shredders lömska planer. Filmen utspelar sig 2014, men innehåller även tillbakablickar till juli 1999 då April var en liten flicka.
