Våra vänner Ash, Pikachu ochresten av gänger är på väg för att se Millenniumkometen, en komet som bara visar sig i sjuk nätter, vart tusende år. På vägen möter de en resande cirkus med trollkonstnären Butler och hans assistent Diane och de blir vänner. Samtidigt sommillenniumkometen visar sig vaknar också Jirachi upp från sin slummer. Jirachi är en Pokemon som kan uppfylla önskningar, någont somskaparlite kaos i lägret. Speciellt när någon i deras närhet smider onda planer.
